Ярославский областной краеведческий музей ведёт своё начало от музея Общества для исследования Ярославской губернии в естественно-историческом отношении, созданного в 1865 году. Пережив за последующие 75 лет целый ряд преобразований, музей не прекращал своей деятельности и в военное время.

К началу 1941 г. в областном краеведческом музее (ныне — Ярославский историко-архитектурный и художественный музей-заповедник) насчиты­валось более 71 тыс. экспонатов; в библиотеке музея — более тысячи рукописных книг XII — XVIII вв., коллекция русских ино­странных и старопечатных книг XV — XVIII вв.

После начала Великой Отечественной войны часть на­учных сотрудников ушла в Красную Армию. В 1941 г. штат музея был сокращен с 67 до 27 работников. Директором музея с 1940 года была Романычева Августа Александровна. Она возглавляла коллектив до 1959 года.

Осенью 1941 года в музее велась подготовка к эвакуации в г. Га­лич Ярославской области (ныне Костромская область) наиболее ценных вещей. В связи с этим на экспозициях часть одних экспонатов была заменена на другие с условием, чтобы не была нарушена научность и историческая последовательность.

Во время эвакуации в г. Галич из 79 ящиков музейных экспонатов пропали 4. В потерянных ящиках нахо­дилось свыше 100 образцов русского и иностранного фарфора XVIII — XIX вв.; коллекция ярославских вышивок XVIII — XIX вв.; коллекция образцов тканей XVII — XIX вв.; экспонаты, отражав­шие технологический процесс обработки хлопка на Ярославской Большой мануфактуре в начале XIX в.; фотографии, документы, вещественные экспонаты историко-революционного отдела му­зея. Эти предметы впоследствии не были найдены.

С первых дней Великой Отечественной войны помещение музея было занято флотским экипажем, а в августе 1943 г. пе­редано под общежитие Ленинградского Высшего инженерно­-технического училища Военно-Морского флота (ВИТУ). Из об­щей площади музея, насчитывавшей 2,4 тыс. кв. м, осталось 404 кв. м. В связи с этим музейные фонды были переведены в неота­пливаемые, тесные помещения.

В 1942 г. сотрудниками была оформлена выставка-перед­вижка «В помощь сельскому хозяйству по поднятию урожайно­сти в условиях Отечественной войны». Работники музея проводили лекции в госпиталях, на пред­приятиях, в школах, в колхозах и т. д. Среди тем мероприятий — «История г. Ярославля», «Ярославль в прошлом и настоящем», «Из истории Ярославской области», «Революционное прошлое г. Ярославля», «Ярославцы — герои Великой Отечественной вой­ны» и др.

В 1943 г. в музее был открыт отдел природы. Для районов области изготовлено 10 комплектов сельскохозяйственной вы­ставки «Используйте верхушки картофеля как посадочный мате­риал». Летом 1943 г. сотрудники музея организовали экспедиции в Угличский, Тутаевский, Некрасовский районы Ярославской области, в результате которых было собрано около тысячи экс­понатов по Великой Отечественной войне — документов, фотографий, образцов продукции. Вместе с научными работниками Ярославского государственного педагогического института была проведена геологическая экспедиция. При музее открылось крае­ведческое общество с секциями — исторической, школьной, по изучению природных богатств Ярославской области.

В 1944 г. для строителей набережной реки Которосли в Ярославле сотрудниками музея была оформлена передвижная выставка «Старый и новый Ярославль». Фонды пополнились материалами по Великой Отечественной войне — было приобретено трофейное оружие с Калининского фронта.

В сентябре 1944 г. некоторые по­мещения были освобождены ВИТУ и отремонтированы силами сотрудников музея. K XXVII годовщине Великой Октябрьской социалистической революции в ноябре 1944 г. на этих площадях были восстановлены отделы — исторический, историко-революционный, социалистического строительства. Из г. Галича тогда уже Костром­ской области были реэвакуированы фонды музея.

В 1945 г. ре­монтировались фасады здания, в котором размещался музей, осуществлялся капитальный ремонт внутренних помещений.

В годы войны музеем были организованы выставки: «Великое прошлое русского народа»; выставка по противовоздушной и химической обороне (второе полуго­дие 1941); «Великая Отечественная война»; «Работа воспитательных домов Ярославской области» (1942); «Ярославль в XVII веке» (в здании церкви Ильи Пророка); «Ярославский комсомол в дни Отечественной войны» (обе — в здании Ярославского театра драмы им. Ф.Г. Вол­кова); «Героическое прошлое русского народа (1943); «Ярославская область в период Великой Отечест­венной войны» (февраль 1945).

Общее количество посетителей музея: 1941 — 64 тыс. (в т. ч. 14,1 тыс. во втором полугодии); 1942 — 16 тыс.; 1943 — 21,6 тыс.; 1944 — 41,3 тыс.; 1945 — 70,2 тыс.