Вхождение Ярославля в состав Русского государства (1463 — 1471) стало результатом длительного постепенного процесса объединения земель.

Ярославские владетельные князья издавна тяготели к Москве, являлись союзниками великих князей московских как во внутриполитической борьбе, так и при свержении ордынского ига. Ярославская рать во главе с князьями Прозоровскими и Курбскими сражалась на Куликовом поле. Это тяготение определило мирный (хотя и не бесконфликтный) характер процесса поглощения Ярославля Москвой.

Первые попытки ограничения политической самостоятельности Ярославля происходят уже в середине XV в. Великий князь московский Василий II, а затем его сын, Иван III, при проведении политики централизации стремились ликвидировать права и привилегии ярославских князей и использовать в своих целях авторитет и экономические возможности духовных корпораций края, прежде всего, влиятельных монастырей. Наиболее известными обителями Ярославля были Спасский и Толгский монастыри. «Пречистый, что на Толзе» монастырь рано связал свою судьбу с Москвой, перейдя под руку Василия II около середины 1450-х гг. Спасский монастырь, являясь фамильной усыпальницей ярославской княжеской династии и обладая обширными земельными угодьями, был более независим. Чтобы привлечь спасского архимандрита и монашескую братию на свою сторону, московские власти были вынуждены предоставлять монастырю новые земельные пожалования, расширять его судебные и податные льготы.

Заметной вехой в истории края стали 60-е гг. XV в. Именно в это время, по единодушному мнению исследователей, происходит формальное присоединение Ярославля к Москве. Споры вызывает лишь точная дата события. Опираясь на данные древнерусских летописей, отечественные историки долго считали, что это случилось в 1463. Л. В. Черепнин подошел к датировке более осторожно, полагая, что процесс вхождения Ярославского княжества в состав единого Русского государства окончательно завершился в 1471. В последние годы на основании анализа актовых источников некоторые ученые (В.А. Кучкин, В.Д. Назаров) предложили новую дату — 1466−1467.

Время утраты политической самостоятельности Ярославля было отмечено резким обострением борьбы между местными светскими и духовными вотчинниками и наступавшей на их права московской великокняжеской властью. Несколько летописных сводов сохранили рассказ об обретении в Спасском монастыре в 1463 мощей князей Федора Ростиславича Черного и его сыновей, Давида и Константина, правивших в Ярославском княжестве в XIII — XIV вв. Останки князей были торжественно перенесены в Спасо-Преображенский собор монастыря, причем летописи подчеркивали, что первенствующая роль в создании культа местных чудотворцев принадлежала тогдашнему ярославскому князю Александру Федоровичу Брюхатому и архимандриту Спасского монастыря Христофору. Масштабность действа свидетельствует, вероятно, о том, что речь шла об одной из последних попыток феодалов края поднять политический престиж Ярославского княжества.

Но если эта попытка и имела место, она окончилась политической неудачей. Москва постаралась решительно пресечь намерение ярославцев сохранить независимость. В Ярославль был послан из Москвы наместник, который предпринял соответствующие меры. Одна из неофициальных летописей XV в. — Ермолинская — рассказывала: «Сии бю чюдотворци явишася не на добро всем князем ярославским: простилися со всеми своими отчинами на век, подавали их великому князю Ивану Васильевичу». Нелегко пришлось и архимандриту Христофору: в Спасский монастырь прибыла из Ростова комиссия, посланная ростовским архиепископом Трифоном, находившимся всецело под влиянием Москвы. Формально комиссия должна была произвести экспертизу чудотворных мощей, однако нет сомнения, что полномочия ее были гораздо шире; комиссия пыталась помешать наметившемуся союзу представителей ярославской княжеской династии и влиятельного местного духовенства. Москве удалось отделить проблему канонизации ярославских чудотворцев от попыток сохранить независимость княжества.

Но даже после разгрома слабой политической оппозиции в Ярославле там долго еще были заметны следы былой самостоятельности. Многие ярославские князья (Пенковы, Алабышевы, Аленкины, Сисеевы, Юхоцкие, Шехонские и др.) сохраняли на территории бывших своих уделов остатки вотчинных прав вплоть до второй половины XVI в. На протяжении всего периода складывания единого Русского государства активно участвовали в политические событиях ярославские духовные корпорации. Руководители Спасского, Толгского и других монастырей чутко улавливали изменения, происходившие в положении верховной власти и, когда функции великих князей московских слабели, стремились всячески укрепить свой статус.

Своеобразная форма «мирного» вхождения Ярославля в систему Московского централизованного государства при длительном сохранении пережитков удельной старины оказала существенное влияние на дальнейшую судьбу края.